PeptideSeq.jl is a julia package for predicting peptide sequence after digestion, adding modification and generating expected fragments in mass spectrometry. Digestion enzyme and modification can be customized.
This package is not registered yet. Insall it through github:
julia> using Pkg; Pkg.add("https://github.com/yufongpeng/PeptideSeq.jl")
julia> using PeptideSeq
julia> p = Protein("DPCHKPKRRKP")
Protein: DPCHKPKRRKP
Modification:
Enzyme:
julia> digest!(p, 2, "Trypsin") # Digest protein with Trypsin
Protein: DPCHKPKRRKP
Modification:
Enzyme: Trypsin
Peptides:
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโฌโโโโโโโโโโโฌโโโโโโโโโโฌโโโโโโโโโฌโโโโโโโโโโโโโโโโฌโโโโโโโโโโโโโโโ
โ Peptide_sequence โ Position โ Mass โ Adduct โ Miss_cleavage โ Modification โ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโผโโโโโโโโโโโผโโโโโโโโโโผโโโโโโโโโผโโโโโโโโโโโโโโโโผโโโโโโโโโโโโโโโค
โ DPCHKPK โ 1:7 โ 823.401 โ [M] โ 0 โ โ
โ R โ 8:8 โ 174.112 โ [M] โ 0 โ โ
โ R โ 9:9 โ 174.112 โ [M] โ 0 โ โ
โ KP โ 10:11 โ 243.158 โ [M] โ 0 โ โ
โ DPCHKPKR โ 1:8 โ 979.502 โ [M] โ 1 โ โ
โ RR โ 8:9 โ 330.213 โ [M] โ 1 โ โ
โ RKP โ 9:11 โ 399.259 โ [M] โ 1 โ โ
โ DPCHKPKRR โ 1:9 โ 1135.6 โ [M] โ 2 โ โ
โ RRKP โ 8:11 โ 555.361 โ [M] โ 2 โ โ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโดโโโโโโโโโโโดโโโโโโโโโโดโโโโโโโโโดโโโโโโโโโโโโโโโโดโโโโโโโโโโโโโโโ
julia> modify!(p, "3NPH") # Derivatize peptides with 3NPH. It can be also modified first and then digested.
Protein: DPCHKPKRRKP
Modification: 3NPH
Enzyme: Trypsin
Peptides:
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโฌโโโโโโโโโโโฌโโโโโโโโโโฌโโโโโโโโโฌโโโโโโโโโโโโโโโโฌโโโโโโโโโโโโโโโโ
โ Peptide_sequence โ Position โ Mass โ Adduct โ Miss_cleavage โ Modification โ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโผโโโโโโโโโโโผโโโโโโโโโโผโโโโโโโโโผโโโโโโโโโโโโโโโโผโโโโโโโโโโโโโโโโค
โ DPCHKPK โ 1:7 โ 1093.49 โ [M] โ 0 โ 3NPH (@ 1, 7) โ
โ R โ 8:8 โ 309.155 โ [M] โ 0 โ 3NPH (@ 8) โ
โ R โ 9:9 โ 309.155 โ [M] โ 0 โ 3NPH (@ 9) โ
โ KP โ 10:11 โ 378.202 โ [M] โ 0 โ 3NPH (@ 11) โ
โ DPCHKPKR โ 1:8 โ 1249.59 โ [M] โ 1 โ 3NPH (@ 1, 8) โ
โ RR โ 8:9 โ 465.256 โ [M] โ 1 โ 3NPH (@ 9) โ
โ RKP โ 9:11 โ 534.303 โ [M] โ 1 โ 3NPH (@ 11) โ
โ DPCHKPKRR โ 1:9 โ 1405.69 โ [M] โ 2 โ 3NPH (@ 1, 9) โ
โ RRKP โ 8:11 โ 690.404 โ [M] โ 2 โ 3NPH (@ 11) โ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโดโโโโโโโโโโโดโโโโโโโโโโดโโโโโโโโโดโโโโโโโโโโโโโโโโดโโโโโโโโโโโโโโโโ
julia> ionize!(p, "[M+H]+", "[M+2H]2+")
Protein: DPCHKPKRRKP
Modification: 3NPH
Enzyme: Trypsin
Peptides:
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโฌโโโโโโโโโโโฌโโโโโโโโโโฌโโโโโโโโโโโฌโโโโโโโโโโโโโโโโฌโโโโโโโโโโโโโโโโ
โ Peptide_sequence โ Position โ Mass โ Adduct โ Miss_cleavage โ Modification โ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโผโโโโโโโโโโโผโโโโโโโโโโผโโโโโโโโโโโผโโโโโโโโโโโโโโโโผโโโโโโโโโโโโโโโโค
โ DPCHKPK โ 1:7 โ 1094.5 โ [M+H]โบ โ 0 โ 3NPH (@ 1, 7) โ
โ DPCHKPK โ 1:7 โ 547.752 โ [M+2H]ยฒโบ โ 0 โ 3NPH (@ 1, 7) โ
โ R โ 8:8 โ 310.163 โ [M+H]โบ โ 0 โ 3NPH (@ 8) โ
โ R โ 8:8 โ 155.585 โ [M+2H]ยฒโบ โ 0 โ 3NPH (@ 8) โ
โ R โ 9:9 โ 310.163 โ [M+H]โบ โ 0 โ 3NPH (@ 9) โ
โ R โ 9:9 โ 155.585 โ [M+2H]ยฒโบ โ 0 โ 3NPH (@ 9) โ
โ KP โ 10:11 โ 379.209 โ [M+H]โบ โ 0 โ 3NPH (@ 11) โ
โ KP โ 10:11 โ 190.109 โ [M+2H]ยฒโบ โ 0 โ 3NPH (@ 11) โ
โ DPCHKPKR โ 1:8 โ 1250.6 โ [M+H]โบ โ 1 โ 3NPH (@ 1, 8) โ
โ DPCHKPKR โ 1:8 โ 625.802 โ [M+2H]ยฒโบ โ 1 โ 3NPH (@ 1, 8) โ
โ RR โ 8:9 โ 466.264 โ [M+H]โบ โ 1 โ 3NPH (@ 9) โ
โ RR โ 8:9 โ 233.636 โ [M+2H]ยฒโบ โ 1 โ 3NPH (@ 9) โ
โ RKP โ 9:11 โ 535.31 โ [M+H]โบ โ 1 โ 3NPH (@ 11) โ
โ RKP โ 9:11 โ 268.159 โ [M+2H]ยฒโบ โ 1 โ 3NPH (@ 11) โ
โ DPCHKPKRR โ 1:9 โ 1406.7 โ [M+H]โบ โ 2 โ 3NPH (@ 1, 9) โ
โ DPCHKPKRR โ 1:9 โ 703.853 โ [M+2H]ยฒโบ โ 2 โ 3NPH (@ 1, 9) โ
โ RRKP โ 8:11 โ 691.412 โ [M+H]โบ โ 2 โ 3NPH (@ 11) โ
โ RRKP โ 8:11 โ 346.21 โ [M+2H]ยฒโบ โ 2 โ 3NPH (@ 11) โ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโดโโโโโโโโโโโดโโโโโโโโโโดโโโโโโโโโโโดโโโโโโโโโโโโโโโโดโโโโโโโโโโโโโโโโ
julia> fragmentation(p.peptides[16]) # Fragmentation of 16th peptide
Peptide: DPCHKPKRR
Modification: 3NPH (@ 1, 9)
Precursor: 703.8527195000001
Adduct: [M+2H]ยฒโบ
Fragment ions:
โโโโโโโโฌโโโโโโโโโโ
โ Type โ Mass โ
โโโโโโโโผโโโโโโโโโโค
โ bโโบ โ 251.078 โ
โ bโโบ โ 348.131 โ
โ bโโบ โ 451.14 โ
โ bโโบ โ 588.199 โ
โ bโ
โบ โ 716.294 โ
โ bโโบ โ 813.347 โ
โ bโยฒโบ โ 407.177 โ
โ bโโบ โ 941.442 โ
โ bโยฒโบ โ 471.225 โ
โ bโโบ โ 1097.54 โ
โ bโยฒโบ โ 549.275 โ
โ yโโบ โ 310.163 โ
โ yโโบ โ 466.264 โ
โ yโโบ โ 594.359 โ
โ yโโบ โ 691.412 โ
โ yโ
โบ โ 819.507 โ
โ yโโบ โ 956.565 โ
โ yโยฒโบ โ 478.787 โ
โ yโโบ โ 1059.57 โ
โ yโยฒโบ โ 530.291 โ
โ yโโบ โ 1156.63 โ
โ yโยฒโบ โ 578.818 โ
โโโโโโโโดโโโโโโโโโโ
julia> data = read_msdial("test/data.txt") # MSDIAL data
Table with 6 columns and 411 rows:
Alignment ID Average Rt(min) Average Mz Metabolite name Adduct type MS/MS spectrum
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
1 โ 0 0.691 100.077 Unknown [M+H-2H2O]+ [50.1298 0.0; 50.3013 0.0; 50.3086 0.0; 50.3209 0.0; 50.3โฆ
2 โ 1 15.696 102.128 Unknown [M+H]+ [50.3038 0.0; 50.5715 1.0; 50.9706 1.0; 51.0595 0.0; 51.1โฆ
3 โ 2 19.7 102.129 Unknown [M+H]+ [50.147 0.0; 50.2033 0.0; 50.2523 0.0; 50.3038 0.0; 50.38โฆ
4 โ 3 16.241 102.129 Unknown [M+H]+ Float64[]
5 โ 4 17.278 102.129 Unknown [M+H]+ [50.1228 0.0; 50.2895 0.0; 50.4195 0.0; 50.5325 0.0; 50.5โฆ
6 โ 5 4.481 118.085 Unknown [M+H]+ [50.3526 0.0; 50.4704 0.0; 50.5515 0.0; 50.5663 0.0; 50.6โฆ
7 โ 6 11.167 118.086 Unknown [M+H]+ Float64[]
8 โ 7 0.682 132.103 NAE 4:0 [M+H]+ [50.064 0.0; 50.1986 0.0; 50.2673 0.0; 50.2746 0.0; 50.28โฆ
9 โ 8 3.383 149.026 Unknown [M+H+2Na]+ [50.0222 0.0; 50.1054 0.0; 50.2719 0.0; 50.3332 0.0; 50.4โฆ
10 โ 9 6.261 149.026 Unknown [M+H-H2O]+ [50.154 0.0; 50.3697 0.0; 50.4311 0.0; 50.4925 0.0; 50.68โฆ
11 โ 10 0.605 152.02 Unknown [M+H]+ [50.227 0.0; 50.5264 0.0; 50.5363 0.0; 50.7774 0.0; 50.98โฆ
โฎ โ โฎ โฎ โฎ โฎ โฎ โฎ
julia> result = find_peptides(data, db) # Find peptides in data
Table with 11 columns and 411 rows:
Alignment ID Average Rt(min) Average Mz Metabolite name Adduct type MS/MS spectrum Peptide Matched Peptide โฏ
โโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโโ
1 โ 0 0.691 100.077 Unknown [M+H-2H2O]+ [50.1298 0.0; 50.30โฆ false nothing โฏ
2 โ 1 15.696 102.128 Unknown [M+H]+ [50.3038 0.0; 50.57โฆ false nothing โฏ
3 โ 2 19.7 102.129 Unknown [M+H]+ [50.147 0.0; 50.203โฆ false nothing โฏ
4 โ 3 16.241 102.129 Unknown [M+H]+ Float64[] false nothing โฏ
5 โ 4 17.278 102.129 Unknown [M+H]+ [50.1228 0.0; 50.28โฆ false nothing โฏ
6 โ 5 4.481 118.085 Unknown [M+H]+ [50.3526 0.0; 50.47โฆ false nothing โฏ
7 โ 6 11.167 118.086 Unknown [M+H]+ Float64[] false nothing โฏ
8 โ 7 0.682 132.103 NAE 4:0 [M+H]+ [50.064 0.0; 50.198โฆ false nothing โฏ
9 โ 8 3.383 149.026 Unknown [M+H+2Na]+ [50.0222 0.0; 50.10โฆ false nothing โฏ
10 โ 9 6.261 149.026 Unknown [M+H-H2O]+ [50.154 0.0; 50.369โฆ false nothing โฏ
11 โ 10 0.605 152.02 Unknown [M+H]+ [50.227 0.0; 50.526โฆ false nothing โฏ
โฎ โ โฎ โฎ โฎ โฎ โฎ โฎ โฎ โฎ โฑ
julia> result.Peptide[121]
Peptide: DPCHKPKR
Modification: 3NPH (@ 1)
Precursor: 558.2805335
Adduct: [M+2H]ยฒโบ
Fragment ions:
โโโโโโโโฌโโโโโโโโโโ
โ Type โ Mass โ
โโโโโโโโผโโโโโโโโโโค
โ bโโบ โ 251.078 โ
โ bโโบ โ 348.131 โ
โ bโโบ โ 451.14 โ
โ bโโบ โ 588.199 โ
โ bโ
โบ โ 716.294 โ
โ bโโบ โ 813.347 โ
โ bโยฒโบ โ 407.177 โ
โ bโโบ โ 941.442 โ
โ bโยฒโบ โ 471.225 โ
โ yโโบ โ 175.119 โ
โ yโโบ โ 303.214 โ
โ yโโบ โ 400.267 โ
โ yโโบ โ 528.362 โ
โ yโ
โบ โ 665.421 โ
โ yโโบ โ 768.43 โ
โ yโยฒโบ โ 384.719 โ
โ yโโบ โ 865.483 โ
โ yโยฒโบ โ 433.245 โ
โโโโโโโโดโโโโโโโโโโ