Skip to content
@matsunagalab

matsunagalab

README.md

学生の皆さんへ

ここは松永研究室@埼玉大学のGitHub organizationです。研究に使っているコードやデータを整理整頓して他のメンバーと共有しながら、研究を進めることが目的です。 メンバーの人はGitHubの勉強も兼ねて積極的にCommit&Pushしてください。バージョン管理ですので間違ったCommitをしても大丈夫です。 不安がある人はまずYouTubeでGitHubとは何かを学んだり、 後藤先生の解説を読んだり、 渡邊先生のGitHub演習を読んだりしてから作業してください。 心配ならばCommit&Pushの代わりにPull Requestをしてくれれば教員がレビュー後にマージします。

  • テスト用のリポジトリ(test)があります。まずはそこで自由に遊んでください。
  • Markdownの書き方を調べて README.md を書いてみましょう。テスト用のリポジトリにディレクトリを作成してREADME.mdを書き、Commit&Pushしてみてください。
  • README.md は作業ディレクトリ毎に作成します。そのディレクトリの案内役です。他のメンバーや2週間後の自分(2週間たてば現在の作業はすっかり忘れています！)のためを思って書きましょう。そのディレクトリですぐに作業できる情報を書くことを心がけましょう。
  • ファイル名を周りのファイルの慣習にあわせましょう。そのほうが他人がみて意図がわかりやすくなります。

🗼 研究

🐤 ラボ内向け

🤯 教育

  • howto 研究室メンバ向けの様々な解説

  • tutorial_viz 分子構造可視化ソフトのチュートリアル集

  • tutorial_analyzingMDdata MDデータ解析のチュートリアル

  • tutorial_hmm 隠れマルコフモデルのチュートリアル

  • lecture_ML 講義「機械学習」の Colab notebooks

  • lecture_ML_julia 講義「機械学習」の notebooks (古いものでJuliaで書いてある)

  • lecture_OR 講義「オペレーションズリサーチ」の Colab notebooks

  • lecture_ode 微分方程式関連の講義の notebooks (Juliaで書いてある)

🌟 論文に用いたリポジトリ

  • capsid Explicit description of viral capsid subunit shapes by expanding dihedrons

  • differentiable_BTR End-to-end differentiable blind tip reconstruction for noisy atomic force microscopy images

  • paper_mbar Use of multistate Bennett acceptance ratio method for free-energy calculations from enhanced sampling and free-energy perturbation

  • paper_ogane2022 Development of hidden Markov modeling method for molecular orientations and structure estimation from high-speed atomic force microscopy time-series images

  • paper_higashida2021 Enhanced Conformational Sampling of Nanobody CDR H3 Loop by Generalized Replica-Exchange with Solute Tempering

Popular repositories

  1. MDToolbox.jl MDToolbox.jl Public

    MDToolbox.jl: A Julia package for molecular dynamics trajectories analysis and modeling of biomolecules

    Julia 20 5

  2. docker-openmm docker-openmm Public

    dockerfile for openmm

    Shell 3 3

  3. tutorial_hmm tutorial_hmm Public

    Hands-on tutorials for Markov state modeling of MD and EXP data

    Jupyter Notebook 3 2

  4. lecture_ML lecture_ML Public

    Google colab notebooks used in a lecture on machine learning

    Jupyter Notebook 3

  5. ColabBTR ColabBTR Public

    End-to-end differentiable blind tip reconstruction on Colab implemented with PyTorch

    Jupyter Notebook 2 1

  6. deprecated_afm deprecated_afm Public

    AFM image analysis using similar approaches proposed by BioEM

    Jupyter Notebook 1

Repositories

Showing 10 of 31 repositories
  • ColabBTR Public

    End-to-end differentiable blind tip reconstruction on Colab implemented with PyTorch

    matsunagalab/ColabBTR’s past year of commit activity
    Jupyter Notebook 2 MIT 1 0 0 Updated Aug 25, 2024
  • differentiable Public

    test-bed for differentiable parameter optimization of molecular systems

    matsunagalab/differentiable’s past year of commit activity
    Jupyter Notebook 0 MIT 0 0 0 Updated Aug 8, 2024
  • matsunagalab.github.io Public

    for deploy with GitHub pages https://matsunagalab.github.io

    matsunagalab/matsunagalab.github.io’s past year of commit activity
    HTML 0 0 0 0 Updated Jul 31, 2024
  • capsid Public

    Capsid tiling study

    matsunagalab/capsid’s past year of commit activity
    Jupyter Notebook 0 MIT 0 0 0 Updated Jul 29, 2024
  • .github Public
    matsunagalab/.github’s past year of commit activity
    0 0 0 0 Updated Jul 25, 2024
  • tutorial_viz Public
    matsunagalab/tutorial_viz’s past year of commit activity
    0 MIT 0 0 0 Updated Jul 17, 2024
  • howto Public
    matsunagalab/howto’s past year of commit activity
    0 MIT 0 0 0 Updated Jul 16, 2024
  • lecture_ML Public

    Google colab notebooks used in a lecture on machine learning

    matsunagalab/lecture_ML’s past year of commit activity
    Jupyter Notebook 3 GPL-3.0 0 0 0 Updated Jul 15, 2024
  • md_inputs Public

    Place of learning OpenMM

    matsunagalab/md_inputs’s past year of commit activity
    Rich Text Format 0 MIT 0 0 0 Updated Jul 4, 2024
  • test Public
    matsunagalab/test’s past year of commit activity
    AppleScript 0 MIT 1 0 0 Updated Jul 1, 2024
View all repositories

Top languages

Loading…

Most used topics

Loading…