Gene-Expression-Scatter-Plot

介绍

2020年春季软件项目管理课程的基因表达散点图项目。 Check the English version of README.md

Contributor List

WangRuyun-王如韵-201736900113

shijyuen-袁世家-201739230123

945168786-余慧-201736900117

cxzql-叶红霞-201736900115

ToDo List

• 补充重要功能友善的用户说明（第一部分，即针对图点显示部分的说明）
• 补充重要功能友善的用户说明（第二部分，即针对数据分析部分的说明）
• 解决页面跳转显示混乱的问题
• 解决数据导出为csv时，中文显示乱码的问题
• 修复找到的文件上传显示bug
• 精简代码
• 添加更多友好的注释
• 文档编写
• 代码测试

软件需求规格说明书

点击前往：《Gene Expression Scatter Plot》 软件需求规格说明书

用户使用说明

示范文件格式

• g1.json是g1在各个样本中的表达值，JSON类型。格式为： {"样本编号A":结果数值B}。例如：

{"Sample01": 2.53, "Sample02": 2.45, "Sample03": 1.88, "Sample04": 1.85, "Sample05": 1.94}

• g2.json是g2在各个样本中的表达值，JSON类型。格式为： {"样本编号A":结果数值B}。例如：

{"Sample01": 9.05, "Sample02": 7.20, "Sample03": 6.94, "Sample04": 6.34, "Sample05": 6.78}

• info.json是每个样本的信息，JSON类型。格式为："样本编号X":{"类型名":"Type","详细信息":"detail"}。例如：

 {"Sample01": {"category": "Type1", "detail": "TBA"}, "Sample02": {"category": "Type1", "detail": "TBA"}, "Sample03": {"category": "Type1", "detail": "TBA"}, "Sample04": {"category": "Type1", "detail": "TBA"}, "Sample05": {"category": "Type1", "detail": "TBA"}}

使用及细节说明

1. 散点的呈现以及各个类型点的细节说明

   • 提交说明： 在将g1,g2,以及info文件提交前请您保证文件的正确性，若g1,g2为空文件，或其中某些数据类型出现问题时会进行相应报错并要求重传，若info文件为空则所有的点都显示为未知点，要求必须上传三个对应的文件，否则无法提交。在文件成功上传后会进行所有散点的呈现。
   • 散点以及信息细节呈现： 在.json中的所有合法散点均会在屏幕左侧显示，右侧上方会显示点的最终呈现百分比。为优化视觉效果，坐标轴将根据点的分布自动分配。将鼠标移至某一类型的散点上，右侧灰框中会呈现该类散点的类型名、数量以及细节说明等信息。鼠标旁也能显示该点的横纵坐标。
   • 散点类型单独显示： 为方便您查找同一类型的散点，所有散点类型会按照字典序于散点图下方呈现，点击相应类型的开关，可以实现对应类型点的暂时显示和隐藏，便于特定点的查询。同时提供了全部隐藏以及全部显示开关便于您灵活处理，若您需要查看某一类型的散点，可先关闭所有散点的显示后打开特定散点即可。

2. g1和g2的相关性系数及p-value等表格数据的操作说明

   • 表格字段: 基因表达相关性分析结果在散点图下方的表格中，共有4个字段：tissue(植物器官类型)，number(属于该tissue的样本个数)，correlation(g1和g2的相关性系数)，p-value(双尾P值)。

   • 排序： 用鼠标点击您要排序的字段，如correlation即可对相关性系数进行排序，点击奇数次实现从小到大排序，点击偶数次实现从大到小排序。

   • 检索： 如您要查找数据，可在表格右上方的检索框内输入检索数据，后台会自动在所有字段内查找包含了检索数据的内容，并时时地在表格中呈现所有匹配到的记录。

   • 导出： 点击表格左上方的按钮即能复制、打印数据，或导出为相应的 .xlsx，.csv 格式文件，便于您后期数据的处理。

   如果您在使用中有任何建议或疑问，欢迎通过邮箱94516876@qq.com联系我们，感谢您的信赖与支持。

FAQ

Current Status

我们共4人作为一个小组在改进这个项目，每周四进行每周总结(Weekly Review)，讨论进度和安排。

weekly_review.md

日期	主持人	书记员
4.23	余慧	袁世家
4.30	王如韵	袁世家
5.07	叶红霞	袁世家
5.14	余慧	袁世家
5.21	王如韵	袁世家
5.28	叶红霞	袁世家