Ejemplo sencillo de como usar typescript con webpack.
Este proyecto usa React y jsx pero los conceptos son aplicables aun si se usa con otras tecnologias.
https://datyayu.xyz/webpack-typescript/
Clona el proyecto con
$ git clone https://github.com/datyayu-xyz/typescript-webpack
Instala las dependencias con
$ npm install
Y corre el servidor de desarrollo con
$ npm start