Adaptado del curso: Advanced Bioinformatics Course developed for the GPS and JUNO projects.
El proyecto GPS, es decir, el proyecto de secuenciación neumocócica global, es una red mundial de vigilancia genómica de Streptococcus pneumoniae que proporciona pruebas para el control de la enfermedad neumocócica. El proyecto JUNO es una vigilancia genómica global de Streptococcus pneumoniae, que es una causa importante de enfermedad invasiva neonatal en todo el mundo. Uno de los objetivos principales de los proyectos GPS y JUNO es fortalecer la capacidad de nuestros colaboradores del proyecto en la generación y análisis de datos genómicos. Este curso está diseñado para capacitar a los participantes en la vigilancia genómica de S. agalactiae y S. pneumoniae. A través de este programa, los asistentes adquirirán conocimientos y habilidades esenciales para la generación, análisis e interpretación de datos genómicos relevantes para estos patógenos. Este curso tiene como objetivo proporcionar a los participantes las herramientas necesarias para realizar una vigilancia genómica eficaz, contribuyendo así al control y prevención de enfermedades causadas por S. agalactiae y S. pneumoniae.
- Comprender los conceptos básicos de la secuenciación de nueva generación utilizando las plataformas Illumina y Nanopore.
- Prender a manejar la línea de comando de Linux.
- Identificar los formatos de los archivos NGS.
- Aplicar herramientas de línea de comandos realizar control de calidad de datos en lecturas generadas.
- Ensamblar lecturas, examinar el ensamblaje de salida y evaluar la calidad de las lecturas ensambladas.
- Anotar y visualizar el genoma anotado.
- Realizar serotipado, MLST y encontrar genes resisntentes a los antibiótios en genomas bacterianos provenientes de datos públicos latinoamericanos.
- Realizar la indexación del genoma de referencia, el mapeo de lecturas, la conversión de la salida a formato SAM/BAM, y el llamado de variantes utilizando bwa en datos de S. pneumoniae.
- Explicar y realizar análisis filogenéticos, incluyendo la lectura de árboles filogenéticos, la identificación de regiones de recombinación y la agrupación utilizando .
- Comprender y utilizar pipelines bioinformáticos para la vigilancia genómica de S. pneumoniae y S. agalactiae.
Este Curso Avanzado de Bioinformática está dirigido a estudiantes, investigadores o profesionales clínicos/sanitarios que forman parte de estas redes de vigilancia global o que tienen interés en aprender a llevar a cabo la secuenciación de nueva generación (NGS) y el análisis de genomas bacterianos (es decir, Streptococcus pneumoniae y/o Streptococcus agalactiae). Este curso se centrará en la aplicación de técnicas genómicas de vanguardia que actualmente se están implementando.
Antes de comenzar este curso avanzado de bioinformática es recomendable haber revisado o completado los siguientes cursos: "Fundamental module 1 (F1)" "Fundamental module 2 (F2)"
Módulo 1: Introducción a Google Colaboratory
Los módulos 1, 2 y 3 se encuentran en el repositorio de Introducción
Para comenzar, vaya a https://colab.research.google.com/.
En la página de inicio de Colab, seleccione "Archivo" y luego "Abrir bloc de notas".
Hay una pestaña para "GitHub"; seleccione esa pestaña y pegue la siguiente URL en la barra de búsqueda debajo de "Ingresa una URL de GitHub o realiza una búsqueda por organización o usuario":
https://github.com/cabana-online/Tutorial_Introduccion
Después de una breve búsqueda verá el notebook:
01.Intro_a_colab.ipynb
Seleccione y verá el notebook abierto.
Para ejecutar las celdas, deberá iniciar sesión con su cuenta de Google (es libre de hacer una cuenta). El uso de Colab es gratis.
Nota: existen limitaciones en la versión gratuita, pero no serán alcanzadas en este curso.
Módulo 2: Introducción a Notebooks y Unix/Linux.
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Seleccione el repositorio
https://github.com/cabana-online/Tutorial_Introduccion
Después de una breve búsqueda verá el notebook:
02.Modulo_2_linux.ipynb
Seleccione y verá el notebook abierto.
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Seleccione el repositorio
https://github.com/cabana-online/Tutorial_Introduccion
Después de una breve búsqueda verá el notebook:
03.Modulo_3_NGS.ipynb
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Módulo 4: Control de calidad de datos.
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https://github.com/cabana-online/Vigilancia_genomica
Después de una breve búsqueda verá el notebook:
04.Modulo_4_QC.ipynb
Seleccione y verá el notebook abierto.
Vaya a https://colab.research.google.com/.
Seleccione el repositorio
https://github.com/cabana-online/Vigilancia_genomica
Después de una breve búsqueda verá el notebook:
05.Modulo_5_taxonomia.ipynb
Seleccione y verá el notebook abierto.
Módulo 6: Ensamblajes De novo.
Vaya a https://colab.research.google.com/.
Seleccione el repositorio
https://github.com/cabana-online/Vigilancia_genomica
Después de una breve búsqueda verá el notebook:
06.Modulo_6_ensamblaje.ipynb
Seleccione y verá el notebook abierto.
Módulo 7:Anotación de genomas
Vaya a https://colab.research.google.com/.
Seleccione el repositorio
https://github.com/cabana-online/Vigilancia_genomica
Después de una breve búsqueda verá el notebook:
07.Modulo_7_anotacion.ipynb
Seleccione y verá el notebook abierto.
Vaya a https://colab.research.google.com/.
Seleccione el repositorio
https://github.com/cabana-online/Vigilancia_genomica
Después de una breve búsqueda verá el notebook:
08.Modulo_8_serotipado.ipynb
Seleccione y verá el notebook abierto.
Vaya a https://colab.research.google.com/.
Seleccione el repositorio
https://github.com/cabana-online/Vigilancia_genomica
Después de una breve búsqueda verá el notebook:
09.Modulo_9_MLST.ipynb
Seleccione y verá el notebook abierto.
Módulo 10:AMR
Vaya a https://colab.research.google.com/.
Seleccione el repositorio
https://github.com/cabana-online/Vigilancia_genomica
Después de una breve búsqueda verá el notebook:
10.Modulo_10_AMR.ipynb
Seleccione y verá el notebook abierto.
Módulo 11:Mapeo
Vaya a https://colab.research.google.com/.
Seleccione el repositorio
https://github.com/cabana-online/Vigilancia_genomica
Después de una breve búsqueda verá el notebook:
11.Modulo_11_mapeo.ipynb
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Módulo 12:Llamado de Variantes
Vaya a https://colab.research.google.com/.
Seleccione el repositorio
https://github.com/cabana-online/Vigilancia_genomica
Después de una breve búsqueda verá el notebook:
12.Modulo_12_llamado_de_variantes.ipynb
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Módulo 13:Filogenética
Vaya a https://colab.research.google.com/.
Seleccione el repositorio
https://github.com/cabana-online/Vigilancia_genomica
Después de una breve búsqueda verá el notebook:
13.Modulo_13_filogenetica.ipynb
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Vaya a https://colab.research.google.com/.
Seleccione el repositorio
https://github.com/cabana-online/Vigilancia_genomica
Después de una breve búsqueda verá el notebook:
14.Modulo_14_introduccion_pipelines.ipynb
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Módulo 15:Flujos de Trabajo GPS y GBS
Vaya a https://colab.research.google.com/.
Seleccione el repositorio
https://github.com/cabana-online/Vigilancia_genomica
Después de una breve búsqueda verá el notebook:
15.Modulo_15_GPS_unified_pipeline.ipynb
Seleccione y verá el notebook abierto.
- Jolynne Mokaya- Wellcome Sanger Insitute
- Aasia Khaliq - Lahore University of Management Sciences
- Iqra Manzoor - Lahore University of Management Sciences
- Narender Kumar - Wellcome Sanger Institute
- Alejandro Castellanos - Universidad de los Andes
- Jebel Ceesay - MRC Unit The Gambia
- Nida Javaid - Lahore University of Management Sciences
- Alejandro Reyes - Universidad de los Andes
- Jolynne Mokaya - Wellcome Sanger Institute
- Njilan Johnson - MRC Unit The Gambia
- Alice Matimba - Wellcome Connecting Sciences
- Kate Mellor Wright - Wellcome Sanger Institute
- Peggy-Estelle Tientcheu - MRC Unit The Gambia
- Archibald Worwui - MRC Unit The Gambia
- Khalid Asif - Lahore University of Management Sciences
- Ravi Kumar - Central Research Laboratory KIMS
- Ana Ferreira - Wellcome Sanger Institute
- Luisa Sacristán - Universidad de los Andes
- Raymond Cheng - Wellcome Sanger Institute
- Bakary Sanyang - MRC Unit The Gambia
- Maria Alejandra Ulloa Mojica - Universidad de los Andes
- Shaper Mirza - Lahore University of Management Sciences
- Camilo García - Universidad de los Andes
- Martha Anita Demba - MRC Unit The Gambia
- Shreedhanya Marathe - Central Research Laboratory KIMS
- Clara Ìnes - Instituto Nacional de Salud, Colombia
- M Imran Nisar - The Aga Khan University
- Stephen Bentley - Wellcome Sanger Institute
- Dam Khan - MRC Unit The Gambia
- Martin Antonio - MRC Unit The Gambia
- Stephanie Lo - Wellcome Sanger Institute
- Dorota Jamrozy - Wellcome Sanger Institute
- Mathew Beale - Wellcome Sanger Institute
- Uzma Basit Khan - Wellcome Sanger Institute
- Elizabeth Castañeda - Instituto Nacional de Salud, Colombia
- Matthew Dorman - Wellcome Sanger Institute
- Varun Shamanna - Central Research Laboratory KIMS
- Felipe Sierra - Universidad de los Andes
- Mouhamadou Fadel Dipo - MRC Unit The Gambia
- Victoria Carr - Wellcome Sanger Institute