Curso teórico-práctico para principiantes en la bioinformática.
El curso se ofrecerá en la modalidad virtual con cuatro horas de lunes a viernes durante cuatro semanas (80h).
M. en C. Nelly Jazmín Pacheco Cruz
Conocer y aplicar las bases teóricas y prácticas de la bioinformática nivel básico, principalmente en el procesamientos y análisis de datos genéticos.
- Adquirir habilidades básicas en el uso del shell de Unix/Linux a través de la terminal.
- Conocer el manejo básico de la programación en R en RStudio
- Aplicar herramientas bioinformáticas para realizar análisis de secuencias genéticas.
- Presentaremos Linux y veremos por qué se usa ampliamente en bioinformática.
- Trabajaremos sobre la línea de comandos de Linux y explicaremos la estructura de directorios del sistema de archivos.
- Algunos comandos esenciales de Linux demostrarán cómo acceder, manipular y editar archivos de texto.
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Introducción a la Bioinformática: Presentación "Bioinformática, si no es ahora será mañana"
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Sistema linux y comando básicos en la terminal
2.1 ¿Qué es Linux y por qué usarlo?
2.2 La terminal y la línea de comandos
2.3 El sistema de archivos de Linux: directorios y archivos
2.4 Conceptos básicos de la línea de comandos
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Manipulación y procesamiento de archivos
3.1 Edición de texto y escritura de archivos
3.2 Acceso al contenido del archivo
3.3 Enlaces simbólicos y su uso
3.5 Manipulación de archivos:
sortyuniq3.6 Coincidencia de patrones:
grep3.8 Procesamiento de archivos con
AWK3.9 Test
- Se introducirá el concepto de variables.
- Se mostrará cómo instalar un software de bioinformática ampliamente utilizado, FastQC
- Breve introducción de Docker, un sistema operativo para contenedores.
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Introducción a las variables de entorno (Environment Variables)
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Instalación de software de muestra
2.1 Una instalación de software de muestra - Samtools
2.2 Probando FastQC
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Introducción a Docker
3.1 ¿Qué es Docker?
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Introducción a Git y Github
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Escribir y documentar scripts informáticos
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Variables condicionales y for loops
Después de la sesión se dejará una serie de ejercicios para que los estudiantes los resuelvan y en la siguiente sesión se revisarán sus respuestas y dudas.
Las sesiones duraran dos horas y habrá material extra disponible para que los estudiantes pueden consultarlo en cualquier momento.
Horario: 8:00 a 14:00 h
| Día | Actividad |
|---|---|
| Martes | 1.- Introducción a la Bioinformática |
| 2.- Sistema linux y comando básicos en la terminal | |
| 3.- Manipulación y procesamiento de archivos | |
| Jueves | 4.- Introducción a las variables de entorno e instalación de programas |
| 5.- Introducción a Git y Github | |
| 6.- Escribir y documentar scripts informáticos | |
| Jueves | 7.- Variables condicionales y for loops |
| 8.- Funciones básicas en R |
- Computadora con mínimo 4 GB de RAM, espacio libre en su disco duro (aprox. 2 GB), conexión a internet y el sistema operativo Linux (Ubuntu) o Mac Os.
- Este curso esta orientado a principiantes en la bioinformática por lo que no es necesario un conocimiento previo en la programación.
Da clink en los siguientes apartados y sigue las instrucciones:
1.- Para abrir una terminal con un entorno linux o parecido si estas en otro sistema operativo
- Glosario
Para ir comenzando es importante revisar el siguiente glosario con algunos de los términos que más se utilizaran a lo largo del curso:
- Curso Bioinformatics for Biologists (futurelearn.com)
- Cursos en DataCamp. Por ejemplo Introducción a R
- Not just for programmers: How GitHub can accelerate collaborative and reproducible research in ecology and evolution
- Improving code reproducibility: Small steps with big impacts
- Is AI leading to a reproducibility crisis in science?
- Scalable, accessible and reproducible reference genome assembly and evaluation in Galaxy
Nuevos paquetes de R en desarrollo - con objetivos biológicos