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Mishima-syk/py4chemoinformatics

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目次

py4chemoinformatics
  • RDKitとは?

  • 対象読者

  • 本書のコードについて

  • おまけ

  • 謝辞

  • License

  • Anacondaとは

  • Anacondaのインストール方法

  • 仮想環境の構築とパッケージのインストール

  • インストールしたパッケージの説明

  • Condaについてもう少し詳しく

  • Pythonの基礎

  • Jupyter notebookで便利に使おう

  • Pythonで機械学習をするために

  • ChEMBL

  • PubChem

  • ChEMBLで欲しい情報を検索する

  • その他有用なデータベース

  • SMILESとは

  • 構造を描画してみよう

  • 複数の化合物を一度に取り扱うには?

  • ヘテロシャッフリングをしてみる

  • 化合物が似ているとはどういうことか?

  • 類似度を計算する

  • バーチャルスクリーニング

  • クラスタリング

  • Structure Based Drug Design(SBDD)

  • 主要な骨格による分類(MCS)

  • Matched Molecular PairとMatched Molecular Series

  • Cytoscapeを使ってMMPネットワークを可視化する

  • Chemical Spaceとは

  • ユークリッド距離を用いたマッピング

  • tSNEをつかったマッピング

  • 化合物の距離情報に基づいたクラスタリング(HDBSCANを使ってみる)

  • 予め定義したケミカルスペースに新しいデータを足したい

  • 効果ありなしの原因を考えてみる(分類問題)

  • 薬の効き目を予測しよう(回帰問題)

  • モデルの適用範囲(applicability domain)

  • ディープラーニングに関して

  • TensorFlowとKerasについて

  • インストールしてみよう

  • Google colabとは

  • DNNを利用した予測モデル構築

  • 記述子を工夫してみる(neural fingerprint)

  • さらに学ぶために

License

This document is copyright © 2019 by @fmkz___ and @iwatobipen

CC-BY-NC-SA