###1. File list

• microarray_analysis.R enthaelt den Quellcode
• CEL_Files/ Ordner, der die zu analysierenden .CEL Files beeinhaltet

###2. Ausfuehren in der Kommandozeile:

Rscript microarray_analysis.R [options] 

Options:

--input=INPUT
	Folder with CEL. files (mandatory)

--output=OUTPUT
	Result folder (voluntary)

--all
	Run full R script

--boxplot
	Boxplots

--hist
	histograms

--microarray_img
	Microarray images

--plm
	Probe Level Model images

--heatmap
	Heatmaps

--topo
	Topographical images

--rnadeg
	RNA degradation plot

--qcplot
	quality control plot

--table
	Tables with RMA and MAS5 normalized data including max, min, mean, sd, p-value, SLR, FC

--scatter
	scatterplots

--topgenes=TOPGENES
	Venn diagrams of top differentially expressed genes

-h, --help
	Show this help message and exit

###3. Bemerkungen

Installiere, wenn noch nicht vorhanden, die folgenden packages:

Bioconducter:
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("affy")
biocLite("hgu133plus2cdf")
biocLite("hgu133plus2.db")
biocLite("simpleaffy")
biocLite("affyPLM")

CRAN packages
install.packages("VennDiagram")
install.packages("gtools")
install.packages("optparse")

Zum Ausfuehren des Programmes ist die (derzeit) aktuellste R-Version 3.2.4 erforderlich.