Предмет: Вовед во биоинформатика
Рок: 01.07.2021
Изработил: Кирил Зеленковски [161141]
OSF извор: https://osf.io/pc7q9/
💻 Барање 1: Парсирање на фајлови
Да се реализираат примери за парсирање на FASTA и GenBank формати, онака како што е објаснето во поглавје 2.4 од туторијалот.
💻 Барање 2: Поврзување со различни биолошки бази
Да се напишат 3 примери за поврзување со различни биолошки бази, како што е опишано во поглавје 2.5 од туторијалот.
💻 Барање 3: Seq објекти
Да се напише пример за работа со Seq објекти, како што е опишано во поглавје 3, и да се обрне внимание на процесите транскрипција и транслација.
💻 Барање 4: Yersinia pestis ДНА секвенца
Да се преземе комплетната ДНА секвенца на Yersinia pestis (бактерија која ги инфектира белите дробови и предизвикува пневмонија). До неа се пристапува со употреба на идентификациониот број **NC_005816** во GeneBank базата (работете со **SeqIO** објекти, имате детали во документацијата).
💻 Барање 5: Репликација на секвенца
Имплеметирајте репликација на секвенцијата потпомогнатаод функции во BioPython.
💻 Барање 6: Пронаоѓање на сите CDS
Со помош на biopython, пронајдете ги секвенциите на различните кодни региони означени како (CDS). CDS се регионите добиени после процедурата на отсекување на интроните.
💻 Барање 7: Пронаоѓање на сите старт/стоп кодони во "pim"
Одберете еден CDS (во мојот случај "pim") и најдете ги сите старт и стоп кодони во неговата РНА.
💻 Барање 8: Транслација на секвенца
Направете транслација за да ги добиете сите можни протеински секвенции.
💻 Барање 9: Мутација
Одберете еден од кодните региони и направете мутација со поместување на рамката за 2 нуклеотиди. Анализирајте ги новите протеински секвенции. Внимавајте, сега има нови старт и стоп кодони.
💻 Барање 10: Креирање на нов FASTA фајл
Да се разработи поглавје 5.5 за креирање на сопствени записи во fasta формат.
💻 Барање 11: Предвидување на структурата на оперон
Да реализира примерот за предвидување на структурата на оперонот кај бактеријата Bacillus subtilis опишан во поглавје 16 од туторијалот. Да се употреби методот на Логистичка регресија и Машини со Поддржувачки Вектори (SVM) и да се споредат резултатите.
💻 Барање 12: Nussinov функција
Да се испрограмира алгоритмот на Nussinov како функција во python која на влез ќе добива стринг од нуклеотиди, а на излезе ќе ја дава нивната секундарна структура.
💻 Барање 13: BioPython за предвидување на секундарна структура
Да се истражи можноста на biopython за одредување на секундарна структура опишана во поглавје 11.6.8