Esse exemplo de darkmode utiliza localStorage do navegador, ou seja mesmo dando f5, ou trocando de pagina o darkmode continua ativo. A meta tag 'theme-color' nada mais e que a cor da barrinha que aparece na parte de cima dos dispositivos mobile. As cores da meta tag 'theme-color' podem ser alteradas por qualquer outra cor em darkmode.js
Sendo: clearcolor (A cor do modo Claro) darkcolor (A cor do modo Dark)
Enquanto no css a classe :root e responsavel pelas cores, fontes etc... do modo claro e a classe .darkmode do modo escuro, como pode ver no arquivo style.css desse projeto.