taxonomy2krona

# Se debe tener el script mothur_krona_XML.py para poder correrlo.
# Corre con python2, por lo que es necesario usar un ambiente conda para ello.
conda activate conda activate create_krona_mothur

# El script de python se corre con el último tax.summary de mothur generando un xml de salida
python mothur_krona_XML.py stability.paired.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.pick.pds.wang.pick.tax.summary > output_mothur_krona.xml

# Después de correr el siguiente comando se obtendrá un archivo html. Ese archivo es el gráfico krona que puede ser 
# visualizado en cualquier navegador (Chrome, Safari, Firefox)
ktImportXML output_mothur_krona.xml