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安装 PHYLIPNEW 记要

要运行 PHYLIPNEW-3.69.650/bin/fconsense 须先安装 PHYLIPNEW-3.69.660 ，其步骤如下：

第一步：下载

cd /public/software/
    wget ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/EMBOSS-6.6.0.tar.gz   ./
    wget ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/PHYLIPNEW-3.69.660.tar.gz ./
#在  ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/   里面下载好  EMBOSS-6.6.0.tar.gz  和 PHYLIPNEW-3.69.660.tar.gz

第二步：安装EMBOSS ;

tar -xzvf EMBOSS-6.6.0.tar.gz   # 解压
cd  EMBOSS-6.6.0/    
./configure --prefix=/public/software/EMBOSS-6.6.0   # [prefix后面接的目录必须是你自己有权限的目录]
make 

	##   其中这个软件依赖一些其他包，若系统没有就先安装之，在这打个比如，如报了少  缺libmysqlclient.so.*的库的错
	##   那么请安装之，若有root:  运行： yum install mysql   ;  yum install mysql-devel即可以安装，若没有到自行安装
	##   现别人已经安装好在这了： /gss1/App_dir/mariadb-10.1.26/bin/mysql  在 /gss1/App_dir/mariadb-10.1.26/lib/里面存在
	##   libmysqlclient.*的，即可以直接加载环境变量就行   export LD_LIBRARY_PATH ;
	##   在这运行：  export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/gss1/App_dir/mariadb-10.1.26/lib/  [可写入： ~/.bashrc 里面，免得每次都要重新加载]

make install

第三步：安装好EMBOSS以后，安装PHYLIBNEW

tar -xzvf PHYLIPNEW-3.69.660.tar.gz   # 解压 
cp  -r /public/software/EMBOSS-6.6.0/lib/*        /public/software/PHYLIPNEW-3.69.650/lib/
cp  -r /public/software/EMBOSS-6.6.0/include/*    /public/software/PHYLIPNEW-3.69.650/include/
   # 在安装好EMBOSS后 即在 EMBOSS-6.6.0  里面有include 和lib 目录;
   # 将EMBOSS-6.60下include里的头文件和lib文件夹copy到 PHYLIBNEW下 [or 加载一些变量 export LD_LIBRARY_PATH ; CFLAGS="-I$prefix/include" ;  LDFLAGS="-L$prefix/ ]
./configure --prefix=/public/software/PHYLIPNEW-3.69.650  
make 

	##  其中这个软件依赖一些其他包，若系统没有就先安装之，在这打个比例  报了少 LibXaw.soXX的库
	##  在 https://www.x.org/archive/individual/lib/ 下载里面的 	libXaw-1.0.13.tar.gz ;
	##  #解压 libXaw-1.0.13.tar.gz，./configure  --prefix=/public/software/PHYLIPNEW-3.69.650 (可以这个目录，免得又重新加载环境变量就行 
	##  export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/public/software/PHYLIPNEW-3.69.650/lib; 
	##  make  ;make install;

make install

第四步： 安装后好在 PHYLIPNEW-3.69.660/bin/fconsense

 #但运行会报  少了在EMBOSS目录少了  fneighbor.acd 的文件
 # 那么在 PHYLIPNEW-3.69.660 找之(find ./ -name fneighbor.acd),正常当在HYLIPNEW-3.69.650/emboss_acd下
mkdir  -p /public/software/EMBOSS-6.6.0/embassy/phylipnew/ ;
ln -s  /public/software/PHYLIPNEW-3.69.650/emboss_acd  /public/software/EMBOSS-6.6.0/embassy/phylipnew/emboss_acd
 # 创建目录 并链接  or 可以copy

其它信息

若后面再运行报少了xxx.so.*的话 把这个xxx.so.*的路径找到并记录下来,直接在 ~/.bashrc加载之，export LD_LIBRARY_PATH=$export LD_LIBRARY_PATH:库所在路径 如把 export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/public/software/PHYLIPNEW-3.69.650/lib; 写进 ~/.bashrc 免得每次要用都重新加载之