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## Filename: global.r
## Created: October 09, 2015
## Author(s): Karsten Krug
##
## Purpose: Shiny-app to perform differential expression analysis, primarily on proteomics data, to perform
## simple data QC, to interactively browse through the results and to download high-quality result
## figures.
##
## This file defines the two panels of the user interface.
##
################################################################################################################
p_load(shiny)
##################################################################
## user interface
##################################################################
shinyUI(
dashboardPage( skin='purple', #skin='blue',
## ##########################################
## header
dashboardHeader( title=paste(APPNAME, " (v",VER,")", sep=""),
## logged user
##dropdownMenuOutput('memfree'), ## causes high latency times
dropdownMenuOutput('session.label'),
dropdownMenuOutput('logged.user'),
dropdownMenuOutput('logout'),
## E-mail
tags$li(class = "dropdown",
a(href=paste('https://mail.google.com/mail/?view=cm&fs=1&to=', MAIL,'&su=Shiny%20',APPNAME,'v',VER,'%20help&body=%0D%0A%0D%0A%0D%0A',paste(rep('-', 30), collapse=''),'%0D%0AMachine:', Sys.info()['nodename'],'%0D%0AApp:', APPNAME, '%0D%0AVersion:', VER, '%0D%0A', sep=''), target="_blank",
"Help me!",
img(src="help.jpg", height="20px", alt="Help"), style = "padding-top:15px; padding-bottom:0px"
)
),
## logo
tags$li(class = "dropdown",
a(href="http://www.broadinstitute.org/proteomics", target="_blank",
img(height = "50px", alt="Proteomics Logo", src="BroadProteomicsLogo.png"),
style = "padding-top:0px; padding-bottom:0px"
)
)),
##),
############################################################################
##
## LEFT panel
##
############################################################################
## column(3, fluidRow(wellPanel(
dashboardSidebar(
tags$head(tags$style(HTML('.shiny-server-account { display: none; }'))),
tags$head(tags$style(".wrapper {overflow: visible !important;}")),
###############################
## file upload
uiOutput("file.upload"),
###############################
## import session
uiOutput("import.session"),
## #############################
## browse saved sessions
uiOutput("browse.sessions"),
###############################
## test data set
##uiOutput("file.testdata"),
###############################
## id column
uiOutput("choose.id.column"),
###############################
## define groups
uiOutput("define.groups"),
# #############################
# gct3
uiOutput('define.groups.gct3'),
###############################
## show experimental design
uiOutput("list.groups"),
###############################
## filter type
tags$br(),
uiOutput("filter.type"),
uiOutput("filter.value"),
###############################
## F5 hint
tags$br(),
htmlOutput('F5hint'),
tags$br()
##########################################################
## Email footer: works for Gmail only
##########################################################
##HTML(paste('<footer>Ran into problems? <a href=\"https://mail.google.com/mail/?view=cm&fs=1&to=karsten@broadinstitute.org&su=Shiny%20modTv',VER,'%20problem&body=%0D%0A%0D%0A%0D%0A',paste(rep('-', 30), collapse=''),'%0D%0AMachine:', Sys.info()['nodename'],'%0D%0AApp:', APPNAME, '%0D%0AVersion:', VER, '%0D%0A','\" target=\"_blank\">Send me an email</a></footer>', sep=''))
),
############################################################################
##
## RIGHT panel
##
############################################################################
dashboardBody(
## #####################################
## PIWIK
tags$head(
HTML(
"<!-- Piwik -->
<script type=\"text/javascript\">
var _paq = _paq || [];
/* tracker methods like \"setCustomDimension\" should be called before \"trackPageView\" */
_paq.push(['trackPageView']);
_paq.push(['enableLinkTracking']);
(function() {
var u=\"", PIWIKURL, "\";
_paq.push(['setTrackerUrl', u+'piwik.php']);
_paq.push(['setSiteId', '1']);
var d=document, g=d.createElement('script'), s=d.getElementsByTagName('script')[0];
g.type='text/javascript'; g.async=true; g.defer=true; g.src=u+'piwik.js'; s.parentNode.insertBefore(g,s);
})();
</script>
<!-- End Piwik Code -->"
)),
useShinyjs(),
# includeJqueryUI(), ## draggable modals
useShinyalert(),
inlineCSS(appCSS), # required for loading animation
## #######################
## loading animation
div(
id = "loading-content",
h2("Loading...")
),
## #######################
## app content
## hidden(
div( id= "app-content",
manageSessionsUI('manageSessions'),
htmlOutput('error'),
printHTMLUI('getting.started'),
printHTMLUI('change.log'),
printHTMLUI('id.column'),
printHTMLUI('exp.design'),
printHTMLUI('gct3.file'),
printHTMLUI('analysis'),
printHTMLUI('results'),
htmlOutput('grp.gct3.prev'),
tableOutput('grp.gct3.prev.tab'),
tableOutput('grp.norm.prev.tab'),
# the actual content
uiOutput('navbar'),
tags$head(tags$style(HTML('
/* main sidebar */
.skin-blue .main-sidebar {
background-color: #000000;
}
/* logo */
.skin-blue .main-header .logo {
background-color: #1477C5; ## Broad blue
}
/* rest of the header*/
.skin-blue .main-header .navbar {
background-color: #1477C5;
}
# /* scroll bar */
# .sidebar {
# height: 90vh; overflow-x: auto
# }
# /* active selected tab in the sidebarmenu */
# .skin-blue .main-sidebar .sidebar .sidebar-menu .active a{
# background-color: #ECF0F5;
# }
# /* */
# .skin-blue .content-wrapper .right-side {
# background-color: #FFFFFF;
# }
')))
) ## end div
## ) ## end hidden
)## dashboard body
) ## end dashboardPage
) ## end shinyUI